Stefan Huber indul az SC Seekirchen-Salzburg csapatában . 2009. december 18-án és 19-én debütált az alpencupi Tirolban , Seefeldben , ahol 49. és 62. helyen végzett. 2010 februárjában Huber először Villachban indult a FIS-kupán, és ott elérte az 59. helyet. Azóta rendszeresen részt vett mindkét versenysorozatban, és eddig egy versenyt nyert az Alpesi Kupában és három versenyt a FIS-ben Csésze.
2012. június 30-án és július 1-én Huber a Stams -en debütált a kontinentális kupán , ahol a 46. és a 49. helyet szerezte meg. Ezt követően főként a FIS és az Alpine Kupában kezdett, amíg 2014- től rendszeresen elindult a Kontinentális Kupában. / 15 évad . A Kontinentális Kupa eddigi legjobb helyezése a második hely volt a rukai versenyen , 2016. december 18-án. Ez volt az első dobogós helyezése a Kontinentális Kupában.
Elején január 2017 Huber testvérével Daniel a nemzeti csoport az Osztrák versenyeken, Innsbruck és Bischofshofen alatt Négysáncverseny 2016/17 jelölték. Miután kvalifikálhatta magát az Innsbruck-i versenyre, edzőjével, Florian Liegl-lel felhívta a figyelmet, mert a legkedvezőtlenebb szélviszonyok miatt nem voltak hajlandók indulni, bár a zsűri engedélyt adott az indulásra, és így elfogadták a kizárást.
2017. február 26-án megnyerte első kontinentális kupaversenyét az Egyesült Államok Iron Mountain -ján . Az oroszországi Csajkovszkijban és a lengyel Zakopanéban további győzelmek következtek 2018-ban .