COG-UK

A COG-UK , COVID-19 Genomics UK Consortium néven az Egyesült Királyság népegészségügyi intézményeinek és kutatóintézeteinek konzorciuma . 2020 áprilisában hozták létre, hogy összegyűjtsék, szekvenálják és elemezzék a SARS-CoV-2 vírusok genomjait az Egyesült Királyságban a COVID-19 világjárvány elleni küzdelem stratégiájának részeként . A konzorcium az ország egyes részeinek négy közegészségügyi ügynökségét (vagy utódszervezeteit), a nemzeti egészségügyi szolgáltató szervezeteket, egyetemi és kutatóintézeteket, valamint a Wellcome Sanger Intézetet tömöríti . A konzorcium 2020 novemberében azonosította a 202012/01 . 2021 januárjáig világszerte nyilvános adatbázisokba feltöltött SARS-CoV-2 szekvenciák 45% -a származik a COG-UK forrásaiból.

Stratégiai célok

A humán patogén (betegséget okozó) vírusok széles körű, teljes szekvenálása számos stratégiai célt szolgál a betegségek elleni védekezésben: Egyrészt az újonnan felbukkanó veszélyes kórokozóváltozatokat a lehető leggyorsabban fel kell ismerni. Ez a COG-UK a "Kent variáns" esetében 01 / 202,012 VOC (más néven B.1.1.7) valóban sikerült: Tulio de Oliveira utasításait követően, aki a dél-afrikai N501Y.V2 variáns vírus felfedezésekor részt vett és az N501Y mutáció felgyorsult terjedésének különleges lehetőségére gyanakodott, Andrew Rambaut is megtalálta ezt a pontmutációt az angol adatokban, itt is különösen gyorsan terjedt el a mutált variáns. A térségben, ideértve Nagy -London környékét is, amely hamarosan következett, szigorú lezárás így feltehetően megakadályozhatja még rosszabb dolgok bekövetkezését.

Másodszor, ezzel a módszertannal az immun -menekülési variánsok előfordulása is sokkal gyorsabban észlelhető, mint nélküle, és korábban elkezdődhet az olyan vakcinák kifejlesztése, amelyek szintén erősen immunizálnak ezekkel a menekülési mutációkkal szemben. Ugyanez vonatkozik a monoklonális antitestek kifejlesztésére és alkalmazására is. Más esetekben is legalább elképzelhető, hogy a terápia és a megelőzés a vírusváltozattól függ. Patrick Vallance azt mondta: "A genomszekvenálás ... segíthet a kezelések kezelésében a jövőben ..."

Harmadszor, különösen a járvány korai szakaszában a teljes szekvenálás sokkal nagyobb bizonyosságot tesz lehetővé a fertőzési láncok azonosításában. Ha a (feltételezett) „fertőző” és a fertőzött személy vírusai azonosak vagy majdnem azonosak, ez a megfigyelés alátámasztja azt a feltételezést, hogy valóban ez volt a fertőzés útja; Ha azonban a két fertőzött ember vírusai jelentősen különböznek egymástól, szinte kizárható, hogy az egyik megfertőzte a másikat. Sharon Peacock ezt a következő szavakkal foglalta össze: „A mutációk várhatóak, és az evolúció természetes velejárói. Sok ezer mutáció már felmerült, és a túlnyomó többség nincs hatással a vírusra, de vonalkódként hasznos lehet a járványok megfigyelésében. " A fertőzési láncok pontos ismerete ezután jelentősen hozzájárulhat a megalapozott ismereteken alapuló higiéniai ajánlások és kötelezettségek meghozatalához.

szerkezet

A COG-UK 2020 márciusában 20 millió font alapkeretet kapott az Egyesült Királyság Egészségügyi Minisztériuma, az Egyesült Királyság Kutatási és Innovációs (UKRI) és a Wellcome Sanger Intézet finanszírozásával . 2020 novemberében a konzorcium további támogatást kapott az Egészségügyi Minisztériumtól annak érdekében, hogy a 2020/2021 -es télen megnövekedett esetek ellenére is fennmaradjon a magas szekvenálási arány.

A konzorciumi partnerek között a Wellcome Sanger Institute , Quadram Intézet és 15 főiskola: Queen University Belfast , University of Birmingham , Cardiff University , University of Cambridge , University of Edinburgh , University of Exeter , Glasgow-i Egyetem , a University of Liverpool , Northumbria University , a University of Nottingham , a University of Oxford , a University of Portsmouth , University College London , a londoni Imperial College és a University of Sheffield .

A konzorciumot Sharon Peacock ügyvezető igazgató , a Cambridge -i Egyetem mikrobiológiai professzora vezeti . Páva kinevezték egyeteméről a Public Health England -be, mint tudományos igazgató erre a szerepre.

Kutatómunka

A COVID-19 világjárvány idején a COG-UK tagjai olyan eszközöket fejlesztettek ki, mint például a "Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages" (PANGOLIN) szoftver, amelyet széles körben használnak a COVID-19 vírusok adatainak evolúciós genetikai szempontból történő osztályozására. A COS-UK 2020 novemberében fedezte fel a SARS-CoV-2 202012/01 aggodalomváltozót (más néven B.1.1.7 vonal). Ez további kutatások tárgya, amelyeket az Egyesült Királyságban továbbra is támogat a COG-UK. 2021. január közepéig a COG-UK feltöltött egy sorozatot a GISAID nemzetközi gyűjtőhelyére az országban észlelt összes COVID-19 fertőzés közel 5% -a tekintetében , míg az Egyesült Államokban 3,2 %, Ausztráliában 60% és kevesebb a járvány által érintett Németországból lényegesen kevesebb, mint 0,7%. Ennek a szekvenálásnak körülbelül 60% -át a Wellcome Sanger Intézet végezte. 2020 decemberében a BBC arról számolt be, hogy a COG-UK "megértette a több mint 150 000 SARS-Cov-2 vírus mintájának genetikai történetét".

Válogatott kiadványok

Linkek az angol Wikipédiához

  1. ↑ Sir Patrick Vallance klinikai gyógyszerész és az Egyesült Királyság kormányának tudományos tanácsadója: en: Patrick Vallance
  2. ↑ Az UKRI egy tárcaközi kutatást finanszírozó intézet az Egyesült Királyságban, lásd a Wikipedia cikkét en: UK Research and Innovation
  3. ↑ Quadram Institute, lásd en: Quadram Institute
  4. ↑ A PANGOLIN szoftvert és fejlesztésének vezetőjét az angol Wikipédia írja le: en: Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages , fejlesztette ki: en: Andrew Rambaut csapata.

Egyéni bizonyíték

  1. ↑ a b c UK teljes genomszekvencia-szövetséget indít a koronavírus ( en-US ) COG-UK terjedésének feltérképezésére . 2020. március 23. 2020. december 23-án letöltve: „A genomiális szekvenálás segít megérteni a COVID-19-et és terjedését. Segíthet a kezelések irányításában is a jövőben, és láthatja a beavatkozások hatását. … Bízom benne, hogy [COG-UK]… létfontosságú áttöréseket fog elérni e betegség leküzdésében. (Patrick Vallance) "
  2. ^ Sharon Peacock: A COVID-19 Genomics UK (COG-UK) konzorcium ( en-US ) COG-UK rövid története . 2020. december 17. Hozzáférés: 2021. január 19.
  3. ↑ James Gallagher: A koronavírust nyomon kell követni genetikai kódjával ( en ) BBC. 2020. március 23. 2020. április 23. Alok Sharma üzleti titkár azt mondta: "Ez az új konzorcium összehozza az Egyesült Királyság legfényesebb és legjobb tudósait, hogy megértsék ezt a járványt, kezeljék a betegséget, és végül életeket menthessenek." "
  4. ↑ a b c d Jacqui Wise: Covid-19: Új koronavírus-változatot azonosítottak az Egyesült Királyságban . In: BMJ . 371., 2020. december 16., ISSN 1756-1833 . doi : 10.1136 / bmj.m4857 . PMID 33328153 . , ingyenes doi teljes szöveg  
  5. ↑ a b c d David Cyranoski: A riasztó COVID -variánsok a genomi megfigyelés létfontosságú szerepét mutatják . Természet. 2021. január 15. Letöltve: 2021. február 28.
  6. ↑ A Covid -mutációk nyomon követésében a legtöbb ország vakon repül . New Straits Times . 2021. január 22. Letöltve: 2021. január 23.
  7. ↑ (díj alapú ajánlat :) Matt Ridley: A Bio-Britain vezeti a világot a Covid tudományában ( en-GB ) Daily Telegraph . 2021. január 10.
  8. ↑ Sheri Fink : Dél -Afrika új koronavírus -változatot jelent be ( en ) In: NY Times . 2020. december 21. 201. április 30 -án olvasható: "… a tudósok világszerte nyomon követik őket [azaz a változásokat és az új irányvonalakat], hogy felmérjék, befolyásolják -e az olyan jellemzőket, mint a fertőzőképesség, a betegség súlyossága, valamint a kezelésekre és oltásokra adott válasz."
  9. ^ A b Markus Grill, Johannes Jolmes: Koronavírus Németországban A mutánsok lassú keresése . NDR / WDR Tagesschau Investigative. 2021. január 28. Letöltve 2021. április 24 -én: "... a SarsCoV2 átvitel mintái kórházakban, idősotthonokban, egyetemeken és a munkahelyen ... a vírus."
  10. ↑ 12,2 millió font növelés a SARS-CoV-2 valós idejű genomi megfigyelésére-COG-UK Consortium ( en-UK ) COG-UK. 2020. november 16. Hozzáférés: 2021. január 19.
  11. ^ Konzorciumi partnerek . COG-UK. Letöltve: 2020. december 22.
  12. ↑ a b Hogyan végezte Nagy -Britannia a koronavírus genomjának ennyi szekvenálását . A közgazdász . 2021. január 16. Letöltve: 2021. február 28.
  13. ↑ Sharon Peacock: Sharon Peacock professzor - CBE FMedSci (enwikiTemplate!) Weboldal és blog ( en ) Letöltve: 2021. január 19.
  14. ↑ COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Konzorciumi jelentés # 10–11. Augusztus 2020 (lásd a „COG-UK által kifejlesztett főbb eszközök és csővezetékek összefoglalása” részt) ( en-UK ) COG-UK. 2020. augusztus 11. Hozzáférés: 2021. január 23.
  15. ↑ (fizetett ajánlat :) Az új Covid -változatok mindannyiunk számára veszélyt jelentenek . Financial Times .
  16. ↑ Frissítés az új SARS-CoV-2 változatról és arról, hogy a COG-UK hogyan követi nyomon a felmerülő mutációkat ( en-US ) COG-UK. 2020. december 14. Hozzáférés: 2021. január 19.
  17. ↑ Rachel Schraer: Covid: Új változatot találtak „az Egyesült Királyság tudósainak kemény munkája miatt” . British Broadcasting Corporation . 2020. december 22.. Hozzáférés: 2021. január 23.

web Linkek